Python API Reference

• TEMPy.protein.structure_blurrer
• Note on real space blurring:
  • StructureBlurrer
    • StructureBlurrer.gaussian_blur()
    • StructureBlurrer.gaussian_blur_box()
    • StructureBlurrer.gaussian_blur_real_space()
    • StructureBlurrer.gaussian_blur_real_space_box()
    • StructureBlurrer.get_coordinates()
    • StructureBlurrer.get_indices()
    • StructureBlurrer.get_indices_aj()
    • StructureBlurrer.hard_sphere()
    • StructureBlurrer.hard_sphere_box()
    • StructureBlurrer.make_atom_overlay_map()
    • StructureBlurrer.make_atom_overlay_map1()
    • StructureBlurrer.make_atom_overlay_mapB()
    • StructureBlurrer.mapGridPosition()
    • StructureBlurrer.mapGridPositions()
    • StructureBlurrer.mapGridPositions_vdw()
    • StructureBlurrer.maptree()
    • StructureBlurrer.model_tree()
    • StructureBlurrer.old_get_indices()
    • StructureBlurrer.protMap()
    • StructureBlurrer.protMapBox()
• TEMPy.protein.scoring_functions
  • Global Scores
  • Segment Scores
    • TEMPy.protein.scoring_functions.FastSCCC
      • FastSCCC
  • Residue Scores
    • TEMPy.protein.scoring_functions.FastSMOC
      • FastSMOC
    • TEMPy.protein.scoring_functions.ScoringFunctions.SMOC
      • ScoringFunctions.SMOC()
    • TEMPy.protein.scoring_functions.LocalMI
      • LocalMI
• TEMPy.protein.structure_parser
  • PDBParser
    • PDBParser.fetch_PDB()
    • PDBParser.read_PDB_file()
    • PDBParser.write_sasd_to_pdb()
    • PDBParser.write_sasd_to_txt()
  • mmCIFParser
    • mmCIFParser.fetch_mmCIF()
    • mmCIFParser.read_mmCIF_file()
• TEMPy.protein.prot_rep_biopy
  • Atom
    • Atom.change_init_position()
    • Atom.copy()
    • Atom.distance_from_atom()
    • Atom.distance_from_init_position()
    • Atom.get_id_no()
    • Atom.get_mass()
    • Atom.get_name()
    • Atom.get_pos_mass()
    • Atom.get_pos_vector()
    • Atom.get_res()
    • Atom.get_res_no()
    • Atom.get_x()
    • Atom.get_y()
    • Atom.get_z()
    • Atom.gridpoints_around_atom()
    • Atom.map_grid_position()
    • Atom.matrix_transform()
    • Atom.reset_position()
    • Atom.set_x()
    • Atom.set_y()
    • Atom.set_z()
    • Atom.translate()
    • Atom.write_to_PDB()
  • BioPy_Structure
    • BioPy_Structure.RMSD_from_init_position()
    • BioPy_Structure.RMSD_from_same_structure()
    • BioPy_Structure.break_into_segments()
    • BioPy_Structure.calculate_centre_of_mass()
    • BioPy_Structure.calculate_centroid()
    • BioPy_Structure.change_init_position()
    • BioPy_Structure.combine_SSE_structures()
    • BioPy_Structure.combine_structures()
    • BioPy_Structure.copy()
    • BioPy_Structure.find_same_atom()
    • BioPy_Structure.get_CAonly()
    • BioPy_Structure.get_atom()
    • BioPy_Structure.get_atom_list()
    • BioPy_Structure.get_atoms_in_chains()
    • BioPy_Structure.get_backbone()
    • BioPy_Structure.get_chain()
    • BioPy_Structure.get_chain_list()
    • BioPy_Structure.get_extreme_values()
    • BioPy_Structure.get_next_chain_id()
    • BioPy_Structure.get_pos_mass_list()
    • BioPy_Structure.get_prot_mass_from_atoms()
    • BioPy_Structure.get_prot_mass_from_res()
    • BioPy_Structure.get_residue()
    • BioPy_Structure.get_residue_indexes()
    • BioPy_Structure.get_selection()
    • BioPy_Structure.get_selection_less_than()
    • BioPy_Structure.get_selection_more_than()
    • BioPy_Structure.get_torsion_angles()
    • BioPy_Structure.get_vector_list()
    • BioPy_Structure.iter_asym_id()
    • BioPy_Structure.matrix_transform()
    • BioPy_Structure.no_of_chains()
    • BioPy_Structure.number_of_residues()
    • BioPy_Structure.randomise_position()
    • BioPy_Structure.rename_chains()
    • BioPy_Structure.renumber_atoms()
    • BioPy_Structure.renumber_residues()
    • BioPy_Structure.reorder_residues()
    • BioPy_Structure.reset_position()
    • BioPy_Structure.rotate_by_axis_angle()
    • BioPy_Structure.rotate_by_euler()
    • BioPy_Structure.split_into_chains()
    • BioPy_Structure.translate()
    • BioPy_Structure.write_to_PDB()
  • gemmiAtom
    • gemmiAtom.get_atom_vals()
    • gemmiAtom.get_col_labels()
    • gemmiAtom.get_str_atom_vals()
  • gemmi_Structure
    • gemmi_Structure.add_structure()
    • gemmi_Structure.add_structure_instance()
    • gemmi_Structure.combine_structures()
    • gemmi_Structure.copy()
    • gemmi_Structure.get_chain()
    • gemmi_Structure.get_global_score()
    • gemmi_Structure.no_of_chains()
    • gemmi_Structure.rename_asym_labels()
    • gemmi_Structure.rename_chains()
    • gemmi_Structure.rename_entity_labels()
    • gemmi_Structure.set_atom_labels()
    • gemmi_Structure.set_global_score()
    • gemmi_Structure.set_local_score()
    • gemmi_Structure.split_into_chains()
    • gemmi_Structure.write_to_mmcif()
• TEMPy.maps.em_map
  • Map
    • Map.box_size()
    • Map.centre()
    • Map.change_origin()
    • Map.copy()
    • Map.fourier_transform()
    • Map.getMap()
    • Map.get_com()
    • Map.get_cropped_box()
    • Map.get_cropped_box_around_atom()
    • Map.get_line_between_points()
    • Map.get_normal_vector()
    • Map.get_point_map()
    • Map.get_pos()
    • Map.get_primary_boundary()
    • Map.get_second_boundary()
    • Map.get_significant_points()
    • Map.get_vectors()
    • Map.laplace_filtered()
    • Map.makeKDTree()
    • Map.make_bin_map()
    • Map.map_rotate_by_axis_angle()
    • Map.map_size()
    • Map.matrix_transform()
    • Map.max()
    • Map.mean()
    • Map.median()
    • Map.min()
    • Map.normalise()
    • Map.normalise_to_1_minus1()
    • Map.old_write_to_MRC_file()
    • Map.origin_change_maps()
    • Map.pad_map()
    • Map.pixel_centre()
    • Map.represent_normal_vectors()
    • Map.resample_by_apix()
    • Map.resample_by_box_size()
    • Map.resize_map()
    • Map.rotate_by_axis_angle()
    • Map.rotate_by_euler()
    • Map.rotate_by_matrix()
    • Map.scale_map()
    • Map.shift_origin()
    • Map.std()
    • Map.threshold_map()
    • Map.translate()
    • Map.update_header()
    • Map.vectorise_point()
    • Map.write_to_MRC_file()
    • Map.x_origin()
    • Map.x_size()
    • Map.y_origin()
    • Map.y_size()
    • Map.z_origin()
    • Map.z_size()
• TEMPy.maps.map_parser
  • old_MapParser
    • old_MapParser.get_endian()
    • old_MapParser.readMRC()
    • old_MapParser.readMRCHeader()